Eleonora Magdalena Falcko-Neuburská byla dcerou pozdějšího falckého kurfiřta Filipa Viléma z falcko-neuburské větve rodu Wittelsbachů a jeho druhé manželky, hessensko-damstadtské princezny Alžběty Amálie.

Byla třetí manželkou Leopolda I., císaře římského, krále uherského a českého a markraběte moravského.

Sňatek
Eleonora se narodila roku 1655 jako nejstarší ze sedmnácti dětí. Jako mladá si velice přála nastoupit do kláštera, ale v prosinci roku 1676 si na usilovné naléhání rodičů vzala Leopolda I., jenž byl o patnáct let starší než ona.

Tento sňatek však měl přinést dědice, což se také stalo. Po roce a půl se manželům narodil syn Josef I. a posléze Karel VI. (dále měli ještě jednoho syna a sedm dcer, z nichž Leopolda I. přežil syn a dvě dcery).

Císařovna
Leopoldovi přinesl tento sňatek také spojence ve válkách proti Francii a Osmanské říši - Eleonořiny sestry se provdaly do Portugalska, Španělska, Polska a Parmy.

Eleonora se velice vlivně zapojila do zahraniční politiky země, svému manželovi radila a hájila zájmy své původní rodiny. Roku 1861 byla korunována uherskou královnou a roku 1690 císařovnou.

Eleonora pocházela z méně bohaté rodiny a i na vídeňském královském dvoře si zachovala skromný životní styl (odmítnutí korunovace českou královnou). Pečovala o chudé a nemocné nebo se denně účastnila pobožností. Svého manžela doprovázela na nebezpečných cestách, jako například útěků z Vídně roku 1680 před morem do Prahy (jediná návštěva města) a roku 1683 před Turky.

Roku 1688 obnovila dámský Řád hvězdového kříže, který založila císařovna Eleonora.

Vdova
I když Leopold I. zemřel, Eleonora stále zůstávala důležitou na vídeňském královském dvoře a podporovala své syny, Josefa I. i Karla VI.. Po smrti Josefa I. dokonce spravovala celou říši až do návratu Karla VI. Na začátku soupeřila o moc s manželkou Karla VI. Alžbětou Kristýnou a manželkou zemřelého Josefa I. Amálií Vilemínou.

Eleonora se dožila šedesáti pěti let a zemřela ve Vídni roku 1720. Byla prodlužovatelkou rodu Habsburků o jednu generaci.