Marie Josefa, druhá manželka císaře Josefa II., se narodila jako dcera bavorského kurfiřta Karla Alberta a jeho manželky arcivévodkyně Marie Amálie. Jako dvouleté dítě se stala českou královskou princeznou, zakrátko však celá rodina musela uprchnout z Bavorska, které na několik let zaplavila vojska královny Marie Terezie. Teprve po smrti Karla Alberta roku 1745 došlo k postupné normalizaci vztahů mezi Mnichovem a Vídní. V té době bavorská princezna vyrůstala v nijak hezkou dívku, u níž se předpokládal vstup do kláštera.

Do jejího života však zasáhla dynastická politika, zvláště pak snaha obou habsburských sestřenic, královny Marie Terezie a Marie Amálie, o navázání pevného přátelství a spojenectví mezi habsbursko-lotrinským a wittelsbašským rodem.

Pomocnou ruku těmto snahám podal krutý osud, jehož koncem listopadu 1763 připravil arcivévodu Josefa o jeho milovanou manželku Marii Isabelu Parmskou. Po smrti svého otce o necelé dva roku později se Josef stal římským císařem a spoluvládcem své matky v habsburských zemích. Za této situace přinutila matka svého nejstaršího syna ke sňatku s bavorskou princeznou, jenž však skončil manželskou katastrofou.

Josef II. neprojevoval o svou manželku, kterou si vzal pouze ze státnických důvodů, sebemenší zájem a manželství zůstalo dokonce nenaplněno. Vzhledem k tomu, že sám Josef II. neprojevil ze své spoluvlády ani za samostatné vlády zájem o královskou korunovaci v Čechách a Uhrách, nezískala korunu ani jeho nominální manželka. Marie Josefa však nenesla tíži nechěného manželství příliš dlouho.

Již 28. května 1767 zemřela ve Vídni na neštovice a její manžel Josef II. bez lítosti vyjádřil svůj vztah ke své druhé manželce tím, že se ani nezúčastnil jejího pohřbu.